• Registro - Top Level Domain (TLD)
  A Idade total do site
  Dados do registro como informações do dono ocultas/anônimas
  Preferencia de autoridade (.edu.br, gov.br, org.br vs .com.br)
  Preferencia regional (.com.br vs .com)
  Preferencia comercial (.com.br vc .info.br, .net.br)
  Subdominio (@ ou www preferencial em vez de subdominio.site.com.br)
  No Google palavra chaves no nome do dominio na ordem que são digitados
  Tipo de site: institucional, e-commerce, blog
  
• Presença e Utilização das ferramentas propriertárias
  Google Blog Search, News, Adwords, Adsense, Analytics, Custom Search, Webmaster Tools - Quem te lika também te monitora.
  
• Links Externos (Fator Off-Page)
  Citações e mensões externas com e sem link
  Relevancia externa do sites que te linkam
  Diversidade de backlinks e IPs
  Autoridade do link externo que te linka (.gov.br, .edu.br, .org.br)
  Quantidade de links reciprocos
  Presença em mídias sociais (twitter, orkut, facebook)
  Citação no Wikipedia
  Local do link (lateral, rodapé, menus, conteudo)
  Texto de ancora
  
• Servidor
  Números de outros sites que usam o mesmo IP
  Localização geografica do servidor / datacenter
  UpTime
  Vizinhança
  
• Velocidade do Site & Código
  Tempo de acesso
  Tamanho da página
  Número de visitas
  Nome da página montado com palavras chaves
  Percentagem de texto
  MetaTags (Title e Description)
  Estrutura com H1 ... Hn ... H6
  Marcação visual (negrito, italico e sublinhado)
  Estrutura semantica HTML valida W3C
  Configurações: robots.txt e sitemaps
  Ancoras e seus textos relacionados as palavras chaves
  Número de links para páginas internas e externas
  Organização do código com identificação de padrões: Menus, BreadCrumb, Rodapé, Links principais
  Estrutura do URL: site/categoria/produto
  Compressão gzip
  Conteudo duplicado (Canonical tag)
  Número de Erros 404
  Redirecionamentos Permanente 301
  Uso de imagens com ALT
  Número de Requisições de scripts internos (CSS, JS)
  Número de Requisições de scripts externos - resolucção de dns externo
  Presença de RSS / Feeds
  Uso de arquivos externos: Imagens, Flash, Videos, Java, etc...
  Acessibilidade: excesso de uso de Ajax e Flash
  Não usar tecnicas de Back Hat (Texto Oculto, Keyword Stuffing)
  
• Conteúdo
  Lingua / idioma claro e correto (cuidado com muitos termos em ingles em sites nacionais)
  Exclusividade de conteudo (evite copiar resenhas, e descrições padrão do que se vende em e-commerce)
  Nível para leitura (número de palavras por sentença e número de sílabas por palavra)
  Densidade de palavras chaves e sinonimos
  Densidade de conteudo não linkado
  Quantidade de texto puro
  Frequencia de atualização do conteudo
  Número de Imagens por página
  Número total de páginas do site
  Textos de Flags de confiança (politica de privaciade, termos de uso, fale conosco, sobre)

Revise sempre toda esta lista de itens constantemente.
Utilize alguns dos sites abaixo que contem ótimas ferramentas!